黄河在元代决溢改道依然严重，且下游多股分流，向南汇淮入海。河道摇摆不定，水患频发，对沿河地区构成了很大威胁。

元代黄河治理  图片来源：国家人文历史

在元朝统治的88年期间（1279—1367年），黄河向南决口增多，淮河水系受到扰乱，水灾日益频繁。其中至元25年（1288年），黄河决阳武22处，主流向南泛滥，由涡河入淮。

大德元年（1297年），黄河在杞县蒲口决口，河水泛滥南北数郡县，造成大面积的破坏。第二年，朝廷命大臣尚文“按视防河之策”。尚文看到当地河岸南高于北，认为“堤安得不坏，水安得不北”，于是上奏建议对蒲口河决之处不塞为便。

奔流不息的黄河  图片来源：央视新闻

尚文认为强行塞蒲口的话会造成“上决下溃”，不易成功。他建议任由河水从蒲口南流，以西郡县遥筑长堤，抵御河水，而下游徐、邳等地区受灾人口则迁离原地，另择黄河南边退滩地以给生业，以后河决之处亦如此法。尚文的建议经过廷论之后被采纳，却遭到河南、山东地区官员的强烈反对，争言不塞则河北桑田尽化鱼鳖之区，塞之便，帝复从之，最终蒲口被塞堵。

 大德三年（1299年），蒲口再次被河水冲决，“障塞之役，无岁无之”。

元、明两代，均建都北京。为了维护大运河南粮北运的任务，元代治河方案大多是保北不保南，尽力防止黄河向北决口，南岸多留水口，听任黄河水在涡、颍及濉等河之穿行。一直到至正十一年（1351年），元政府任命贾鲁治河。

贾鲁（1297年—1353年），元代著名河防大臣、水利学家  图片来源：国家人文历史

至正四年（1344年），黄河在白茅口（今山东曹县境内）决口，严重威胁漕运。朝廷派贾鲁治理黄河，贾鲁主张“疏塞并举”，疏是疏浚原汴河，导水东行。塞是修筑北堤，堵塞决口。1351年贾鲁大举治河，堵决口，修北堤，一年工毕，河复故道。共浚深河道80余里，堵决口20余里，修各种堤坝36里，使黄河自黄陵岗以东河道改在徐州会入泗水，当时称为贾鲁河。贾鲁在治理黄河过程中对工程布局和施工程序作了周密部署，创造性地推行了石船堤的堵口方法，在我国治河堵口史上留下了光辉一页。

贾鲁治河之后，黄河复故道东南流持续了15年，到至正二十六年二月，“河北徙，上自东明、曹、濮，下及济宁，皆被其害”。